Według szacunków od założenia Cmentarza Powązkowskiego w 1790 r. pochowano na nim ponad milion osób. Pierwotnie nekropolia była niewielka, liczyła zaledwie 2,6 ha. Powierzchnię zbliżoną do obecnej - 43 ha - cmentarz osiągnął już ponad sto lat temu. Nekropolia została założona na działce ofiarowanej przez synów stolnika warszawskiego Melchiora Szymanowskiego. Był to czas, kiedy ze względów sanitarnych cmentarze w całej Europie zaczęto przenosić z dala od miejskiej zabudowy. Warszawiacy, przyzwyczajeni do pochówków na niewielkich cmentarzykach przy kościołach, początkowo niechętnie przyjęli cmentarz założony daleko od granic ówczesnej stolicy, nieopodal wsi Powązki.

Nekropolię zaczęto porządkować w latach 40. XIX w. W okresie zaborów uroczystości pogrzebowe osób zasłużonych zamieniały się, pomimo sprzeciwu władz carskich, w uroczystości patriotyczne. Obiektem kultu stał się grób pięciu poległych podczas manifestacji na Krakowskim Przedmieściu w 1861 r. Kiedy w 1884 r. oddano do użytku cmentarz na Bródnie, liczba pochówków na Powązkach gwałtownie zmalała, cmentarz nabrał charakteru elitarnego.

Do dzisiejszego dnia Powązki to miejsce spoczynku znanych i zasłużonych Polaków. Spoczywają tu m.in. lotnicy Franciszek Żwirko i Stanisław Wigura, autor "Mitologii" Jan Parandowski, reżyser teatralny Stefan Jaracz, poeta Leopold Staff i tenor Jan Kiepura. Symboliczne groby mają tu również prezydenci Ignacy Mościcki i Stefan Starzyński oraz przywódcy Państwa Polskiego Podziemnego. Na Powązkach jest także grób ich fundatora, Melchiora Korwina Szymanowskiego. Pierwszym pochowanym na Powązkach był ksiądz Wincenty Bartłomiej Skrzetuski, którego pogrzeb odbył się w 1791 r.

Podczas II wojny światowej niektóre grobowce były używane przez warszawską konspirację jako podziemne arsenały broni i schrony; na Starych Powązkach odbywano akcje zbrojne. W czasie powstania warszawskiego na Cmentarzu Powązkowskim Niemcy umieścili czołgi, a na wieży kościoła karabiny maszynowe. Po wojnie odbudowa kościoła i katakumb trwała do 1976 r.