Jan A.P. Kaczmarek urodził się 29 kwietnia 1953 r. w Koninie. Pochodzi z muzycznej rodziny. Jego dziadek był skrzypkiem, wykonywał m.in. muzykę na żywo do filmów w kinie. Jako dziecko Kaczmarek uczył się gry na fortepianie. Pierwszy sukces odniósł w liceum w Koninie, dla którego skomponował hymn szkolny, tworzył też muzykę do szkolnych przedstawień teatralnych. Marząc o karierze dyplomaty, rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

Podobno zdanie co do swojej kariery zmienił po odbyciu stażu w Teatrze Laboratorium Jerzego Grotowskiego. Innym awangardowym teatrem, z którym współpracował w latach siedemdziesiątych, był Teatr Ósmego Dnia. Tam stworzył kameralną Orkiestrę Ósmego Dnia. Podczas trasy koncertowej po USA nagrali w 1982 r. płytę długogrającą "Music for the End" dla chicagowskiej, niezależnej wytwórni Flying Fish Records. W 1989 r. Jan A.P. Kaczmarek wyjechał do Los Angeles.

Kaczmarek jest autorem muzyki do takich filmów, jak m.in.: „Całkowite zaćmienie” i „Plac Waszyngtona” Agnieszki Holland, „Hania” Janusza Kamińskiego, „Horsemen – jeźdźcy Apokalipsy” Jonasa Akerlunda, „Dzieci Ireny Sendlerowej” Johna Kenta Harrisona i „Aż po grób” Aarona Schneidera. W ostatnich latach skomponował muzykę m.in. do „Doliny Bogów” Lecha Majewskiego (2019), „Magnezji” Macieja Bochniaka (2020), „Śmierci Zygielbojma” Ryszarda Brylskiego (2021) i do „Van Gogha” Daniela Fridella.

W 2005 r. dostał Oscara za muzykę do filmu „Marzyciel” Marca Forstera.

– W muzyce Jana A.P. Kaczmarka czuć słowiańską duszę, a jednocześnie ma ona w sobie lekkość i przejrzystość. Utwory Kaczmarka są bardzo melodyjne i wywołują natychmiastową reakcję emocjonalną. Czysty ton w Hollywood – powiedział pianista i kompozytor Aleksander Dębicz.

W 2004 r. Kaczmarek powołał Instytut Rozbitek – miejsce robocze spotkań artystów filmu, muzyki i teatru. Jest także twórcą festiwalu Transatlantyk, którego pierwsza edycja odbyła się w Poznaniu latem 2011 r.

W styczniu br. córka artysty Anastazja Davis zorganizowała w sieci zbiórkę na leczenie Jana A.P. Kaczmarka, który od dłuższego czasu cierpiał na schorzenie neurologiczne o postępującym przebiegu – zanik wieloukładowy (MSA – multiple system atrophy).